Oui il est tout à fait possible de suivre le crawl d’un domaine et de ses sous domaine dans le cadre d’un même projet. Il faut pour cela effectuer une intervention du côté de votre configuration Apache pour que le nom d’hôte remonte dans les logs. Sans ça, l’outil ne fait pas de différence entre les urls du domaine principal et les urls des sous-domaines.

Pour effectuer cette manip dans la configuration de votre serveur, vous pouvez vous référer à cet article.